A lenda mais contada da Pedra do Segredo é de que os jesuítas, ao evacuar a região das Missões, teriam escondido parte do seu tesouro e pertences valiosos após serem expulsos do Brasil por exércitos que faziam cumprir o Tratado de Madrid (acordo entre Portugal e Espanha).
A partir do Tratado de Madri os reis de Portugal e Espanha deram ordem para que o povo Missioneiro (formado por guaranis e jesuítas) se retirasse do atual Rio Grande do Sul, onde haviam constituído as reduções. Os índios, donos legítimos do território, resistiram e no mês de janeiro de 1756 iniciou-se uma ofensiva e o capítulo mais hostil da Guerra Guaranítica. Foi neste período, no dia 07 de fevereiro de 1756, que o líder guarani Sepé Tiaraju foi morto.
Três dias após a morte de Sepé, ocorreu o combate mais desastroso para o povo Guarani. Na Batalha de Caiboaté (atual São Gabriel|RS) morreram 1.500 índios. As forças guaranis, não tendo mais como resistir , decompõem-se.
O eco das vozes guaranis ficou eternizado na frase “Esta terra tem dono”, atribuída a Sepé. O cacique representava o povo nativo que habitava este pedaço de chão sul americano. Uma das lendas da pedra do Segredo é que o corpo de Sepé Tiarajú teria sido enterrado em uma das grutas do local. Por muitas gerações ocorreram diversas expedições na atual área do parque, mas nenhuma comprovação até hoje foi confirmada.
Muito misticismo cercava a floresta e as cavernas da Pedra do Segredo. Algumas lendas abordavam que tochas e qualquer instrumento de luminosidade da época, se apagavam misteriosamente na Caverna da Escuridão, tal efeito era atribuído a espíritos protetores dos tesouros e do corpo do líder Guarani. Hoje sabemos que este fenômeno físico nem sempre acontece no interior da gruta, ocorre de acordo com a direção dos ventos, e se dá em razão da corrente de ar que se forma no interior da cavidade, podendo apagar ou não o fogo.
A Pedra do Segredo também tem antiga relação com estudos ufológicos, recebendo anualmente buscadores de evidências do Brasil e da América Latina, fortemente defendidas de contatos e comunicações com seres extra terrestres.
O que podemos afirmar é que contemplar o céu diurno ou noturno no parque, já vai valer a sua visita e a sua busca.
